处理知网查重论文文献格式错误的方法有很多。首先，可以逐一检查论文中的格式错误，如标点符号、参考文献格式等，然后根据知网查重系统的提示逐一修改。其次，可以使用专业的文献格式化工具，如EndNote、NoteExpress等，帮助规范文献格式。另外，也可以请教导师或专业编辑人员进行论文格式的修改，确保符合要求。最后，定期检查论文格式，避免知网查重时出现格式错误。

在处理知网查重论文文献格式错误时，需要注意避免直接复制粘贴他人的内容，以免被查重系统识别为抄袭。另外，要注意论文中的引用格式是否符合要求，包括参考文献的格式、标点符号的使用等。同时，可以利用知网查重系统提供的参考文献格式要求，逐一核对论文中的文献引用，确保格式正确。最后，建议在论文写作过程中就注意文献格式的规范性，避免最后处理时出现大量格式错误。